Ese mismo año, el último en el cargo de García Luna, tres escándalos sacudieron a la policía federal bajo su mando, y finalmente despertaron sospechas en Washington y en la embajada en México.
En febrero de 2012, Guzmán Loera escapó por poco de una redada conjunta de Estados Unidos y México en Cabo San Lucas, saliendo por la puerta trasera de su residencia con la ayuda de agentes federales mexicanos.
Cuatro meses después, tres policías federales murieron en un misterioso tiroteo con otros oficiales en el aeropuerto internacional de Ciudad de México. En entrevistas recientes, los agentes de la DEA que en ese momento trabajaban en México dijeron que la violencia fue el resultado de un enfrentamiento entre los oficiales que se dedicaban al narcotráfico y se peleaban por las ganancias.
Luego, en agosto de 2012, dos agentes de la CIA fueron baleados y heridos después de que oficiales federales mexicanos abrieran fuego contra su vehículo. Los funcionarios estadounidenses que realizaban una investigación le pidieron a García Luna que compartiera imágenes de las cámaras de seguridad que creían que habían captado el ataque. Al principio, García Luna afirmó que las imágenes no existían, según tres funcionarios con conocimiento del caso.
García Luna fue presionado por las imágenes en una reunión tensa en Washington con altos funcionarios estadounidenses, incluido Eric Holder, el fiscal general en ese momento, y Janet Napolitano, secretaria de Seguridad Nacional, según los tres funcionarios, dos de los cuales estuvieron presentes en esa reunión. Al final, el FBI obtuvo las imágenes de otros agentes de seguridad mexicanos.
Episodios como estos pusieron a los funcionarios estadounidenses en alerta máxima sobre la policía federal bajo el mando de García Luna, dijo Eric Drickersen, quien llegó a México como miembro agregado del FBI en 2013.
También hicieron que los agentes del orden público de EE. UU. en México actuaran con más cuidado de lo habitual y se protegieran a sí mismos y a sus fuentes dentro de los cárteles, una postura que a menudo se sentía como “trabajar con una mano atada a la espalda”, dijo Drickersen.